Главный герой игры Ryuhi родился и вырос в таинственном районе Китая среди высоких горных вершин. Там он получал наставления от своего мудрого учителя Juan, и уже в юности ему удалось стать мастером кэмпо. Однажды на учителя напали тайные враги и украли у него Секретные Свитки "Hiryu no Ken". У Ryuhi появилась возможность изучать дальше технику единоборств лишь по 6-му Секретному Свитку "Shingan No Sho" ("Книга Мысленного Взора"), который учитель передал ранее на хранение Gengai, епископу города Shorinji. Итак, наш персонаж начинает путешествие в город Shorinji, исполняя последнюю просьбу умирающего учителя. Gengai тепло встретил Ryuhi и начал обучать его местной разновидности кэмпо. Шесть лет спустя они получили письмо с призывом принять участие в предстоящем "Всемирном турнире по контактным видам спорта" от таинственной организации "Tusk Soldiers" - врагов Shorinji. Ryuhi планирует стать представителем Shorinji в предстоящем Чемпионате, а его главный мотив - желание не допустить представителей тайной организации стать чемпионами в этом турнире. Узнав от Gengai, что именно представители "Tusk Soldiers" напали на его учителя и отняли у него Секретные Свитки, Ryuhi отправляется на турнир.

В "Flying Dragon: The Secret Scroll" имеется два различных типа игрового процесса:
1. Скроллинговые уровни, где Ryuhi должен победить пять боссов, а также найти определенные предметы.
2. Режим турнира, где нужно биться с врагами один на один в таком же стиле, как это было организовано в первой игре серии "Shanghai Kid".