Япония в текущий момент времени подвержена атаке странных гигантских монстров. Рептилия Барагон (Baragon) создает землетрясение на нефтеперерабатывающем заводе, птерозавр Родан летает с превышением скорости звука и разрушает все вокруг, отвратительная капля слизи Гедора (Hedorah) питается от токсичных отходов города и увеличивается в размерах каждую секунду, гигантская гусеница Мотра (Mothra) откладывает яйца в разных частях города, гигантский осьминог Гезора (Gezora) разрушает рыболовецкие суда в гавани и пожирает членов их экипажей, страшный дракон Король Гидора (King Ghidorah) дышит повсюду огнем, а Годзилла перепахивает все находящееся вокруг него. Что еще хуже - началось вторжение флота чужеродных летающих тарелок. Только Оборонительные Силы Японии могут остановить это нашествие!

Мы управляем войсками Оборонительной Силы, которые пытаются предотвратить разрушение городов Годзиллой и другими гигантскими монстрами. В этой игре нам не только придется еще раз встретится с уже хорошо знакомыми нам по первой части игры монстрами Мотра, Гезора, Гедора, Барагон и Королем Гидора, но и узнать о новом персонаже по имени Родан. "Godzilla 2: War of the Monsters" была выпущена в числе ранних игр и должна была популяризировать будущую звезду Родан, однако игровая общественность встретила ее не очень хорошо. Это произошло отчасти из-за отсутствия оригинального сюжета, а отчасти из-за того, что в игре довольно произвольный стиль сражений (теперь это чистой воды стратегия), который был труден для восприятия и понимания фанатами франшизы.

Верная стратегия является основным и главным компонентом в игре - для успешного противостояния монстрам мы должны правильно располагать свои войска в стратегически важных точках по маршруту Годзиллы (или другого монстра) как вблизи важных зданий и объектов, так и в других областях, где передвижение врага будет менее разрушительным для города. Фактически, в игре очень сложно добиться успеха, если не быть пунктуальным и внимательным ко всем мелочам - ведь в противном случае вся защита может развалиться во время первой же пропущенной атаки соперника.