Год 20X5, космические пираты атаковали научную станцию, украв малоисследованный вид существ – метроидов. Намереваясь использовать их как биологическое оружие, против всего живого, они собираются размножить их при помощи бета лучей. Галактическая федерация, атаковав планету, где скрылись пираты, и терпит поражение. После недолгих размышлений федерация решает оправить на нее лучшего известного ей охотника за головами – Самус Аран.

Создатели игры сказали, что немало вдохновлялись фильмом «Чужой» и соотносящимися к нему работами Гигера. В игре почти нет музыки, и держится атмосфера на звуках и тишине. Персонаж путешествует по многочисленным тоннелям и на базе пиратов, исследуя ветвистую систему экранов; Самус находит улучшения, сражается с местными существами и ищет центральную систему, на которой держится весь эксперимент пиратов.

Улучшения позволяют попасть в ранее недоступные места, и остаются с персонажем на всю игру (такая система, присутствующая и в Legend of Zelda оставила отпечаток в будущем). К тому же, если пройти игру раньше определенной точки времени, можно увидеть персонажа без защитного костюма – многие даже не подозревали, что они играют за девушку (женские протагонисты на тот момент были не очень распространены, и это была в целом хорошая новость). Для сохранения прогресса используются пароли.