Игрок управляет маленьким мальчиком по имени Мусаши, который живет где-то в средневековой Японии в деревне Арима . Он сын знаменитого воина Миямото Мусаши и сам опытный воин. Однажды до него дошел слух, что злой волшебник Кодзиро - заклятый враг его отца, снова поднял свою уродливую голову! Демоны Кодзиро вторгаются в страну, угрожая смертью и разрушением. - Я одолею Кодзиро!"- говорит Мусаси, - "а может, даже убью его"...

Musashi no Bōken можно описать как Dragon Warrior в феодальной Японии, так как помимо отличительного японского колорита, демонстрируемого здесь, игры очень похожи. Мусаши путешествует по карте мира, посещает города, покупает оружие и доспехи, спускается в подземелья и сражается с врагами в пошаговом бою от первого лица.