Dirty Pair: Project Eden - это платформер, основанный на одноименном аниме-фильме. Игра может быть сыграна в одиночку, и в этом случае игрок управляет девушкой с голубыми волосами Юри или в режиме двух игроков, в котором второй игрок управляет рыжеволосой Кей. Игра состоит из четырех уровней. Первый и третий уровни - это простые стадии автопрокрутки, в которых игрок должен прыгать и стрелять во всех врагов. На уровнях 2 и 4 окружающая среда и игровой процесс переходят на нелинейный макет-лабиринт на основе комнаты, в котором игроку необходимо найти диски, чтобы закончить уровень. Многие комнаты заперты и должны быть разблокированы сначала с помощью бомб, ключей или других средств.