В игре мы будем играть за Мики Уолша (Mikey Walsh) - одного из членов банды, чьи друзья были похищены противоборствующей им группировкой - семьей Фрателли (Fratelli family). Наша задача - спасти своих друзей и Энни Русалку (Annie the Mermaid), но это будет сделать совсем непросто, ведь теперь персонажу придется спускаться даже в жуткие подземные лабиринты! Но сначала нужно будет уничтожить главный сервер врага и успеть не дать членам семьи Фрателли сделать что-нибудь нехорошее с заложниками. На протяжении игры нам будут противостоять Мама Фрателли (Mama Fratelli), ее сумасшедший кузен Пипсквик (Pipsqueak, появился исключительно в этой игре), а также двое ее сумасшедших сыновей!

В "Goonies II, The" игровой процесс состоит из двух режимов: платформенного (со стандартным боковым скроллингом) и с видом от первого лица. Большинство времени в игре, как и в первой части, нам придется путешествовать по двухмерной нелинейной карте, переходя в новые области с помощью лестниц и дверей (которые, кстати, могут выступать и порталами, ведущими нас в совершенно другие, не соседние зоны). Всего же в игре имеется несколько различных типов зон, каждая со своими уникальными врагами, графикой и музыкальным сопровождением.