Это третья часть игры в серии динамичных экшн-игр про ниндзя и последняя игра в серии, выпущенная для Nintendo Entertainment System.

Прошло некоторое время после поражения Аштара и воскресшего Хакио, и Ирен Лью получила новую миссию для завершения. Она должна наблюдать за странной фабрикой, которая была недавно построена с неизвестной целью, и исследовать ее. Она приступает к разведке, но ее перехватывает и, по-видимому, убивает ее друг Рю Хаябуса ... за исключением того, что это не Рю. Это самозванец. Настоящий Рю, возмущенный ее смертью и последующим ложным обвинением в том, что он убил ее, продолжает свою миссию и приступает к расследованию фабрики.

Как уже говорилось, это была последняя игра в регулярной серии, выпущенная для NES. В нем было много функций, которых не было в предыдущих играх этой серии, таких как увеличение длины меча, новая вертикальная «волна» атаки и вертикально прокручивающиеся уровни. Американская версия игры считается самой сложной в серии из-за дополнительного урона, получаемого при попадании, немного меньшей длины обычного меча, ограниченного продолжения и большего количества врагов.

Порт Lynx - это вторая игра Ninja Gaiden на платформе, первая из которых является портом из Arcade Version. Этот порт идентичен игре NES, но внутриигровая картинка сжимается для меньшего экрана Lynx.