Спустя год после событий оригинального Ниндзя Гайдена, новый злодей по имени Аштар получает известие о поражении Хакио. Аштар использует эту возможность, чтобы реализовать новый план погружения мира во тьму. Ниндзя, Рю Хаябуса, отправляется в путь, чтобы уничтожить всевозможных мерзких существ, попадающих в мир, сражаясь с ним, чтобы уничтожить Аштара, его Темный Меч Хаоса и все остальное, что скрывается за злом.

Ninja Gaiden II: The Dark Sword of Chaos - это динамичная игра с горизонтальной прокруткой в традициях оригинальной игры Ninja Gaiden. Рю - ниндзя, который может бегать, прыгать и рубить своим мечом ниндзя. Он также может прикрепляться к вертикальным стенам и взбираться вверх и вниз, чего не хватало в предыдущей игре. Бонусы скрыты повсюду на всех уровнях. Эти бонусы включают огненные шары и звезды ниндзя, как и раньше; уникальный новый powerup - тень ниндзя. Рю может собирать до 2 теней ниндзя, которые следуют за каждым его движением и использовать то же оружие в то же время, что и Рю.

Ninja Gaiden II рассказывает свою историю благодаря свободному использованию кинематографических сцен, перемежающихся между уровнями действия. Различные уровни характеризуются разнообразием взаимодействия окружающей среды; например, на одном уровне Рю находится на высокой горе, где быстро падает снег и дует сильный ветер. Смещение направления снегопада указывает на то, как дует ветер, и Рю должен бороться с ветерком. На ночном уровне большая часть окружающей среды темная и освещается лишь время от времени вспышками молний.