В 21 веке злой император Гаруда захватил город Нью-Йорк, убив многих его жителей. Вы играете за Хаяте или Каэдэ, двух ниндзя, которые пытаются освободить город от контроля Гаруды.

Shadow of the Ninja - это типичная игра с боковой прокруткой, состоящая из бега, рубящего удара и прыжков через 5 уровней, каждый из которых имеет 4 подэтапа с многочисленными и разнообразными противниками и врагом-боссом на их конце.

Каэдэ и Хаяте умеют не только прыгать как ниндзя, они могут висеть на платформах и стремительно перемещаться между этажами. Иногда можно найти канистры, содержащие бонусы. Типичные бонусы расширяют диапазон стандартного меча или могут быть дополнительным оружием, таким как метание звездочек и оружием ниндзя, которое выглядит как большой крюк на веревке.

Как и во многих других экшен-играх для NES, но в отличие от очень похожей (и косвенно связанной) серии Ninja Gaiden, игра позволяет двум игрокам играть совместно.

Игрок может бегать, приседать, подниматься по лестницам, атаковать и прыгать, как в большинстве игр с боковой прокруткой, а также держаться за выступ и двигаться под ним. Если у игрока осталось больше половины его жизнеспособности, он может выполнить специальную атаку, удерживая кнопку в течение длительного периода, вызывая грозу, которая повредит всех врагов на экране, но за счет примерно половины их максимальной жизнеспособности. .

Оружие по умолчанию - катана, которую можно обменять на кусаригаму и наоборот. Кусаригама имеет больший радиус действия, чем катана, и может поворачиваться вверх по диагонали и горизонтали, но может наносить урон противникам только с определенного расстояния и не работает так же хорошо на близком расстоянии, как катана. Если игрок поднимает оружие, которое у него уже есть, его сила атаки будет увеличена на один уровень (до трех уровней атаки). Однако, если игрок получит слишком много урона, сила его оружия вернется к прежнему уровню. Также есть возможность использовать оба вида оружия, если игрок начинает с кусаригамы и собирает секретные бонусы, спрятанные на некоторых уровнях. Игрок также может получить метательные сюрикены и ручные гранаты, которые можно использовать только до тех пор, пока у игрока есть запас, прежде чем он вернется к использованию катаны или кусаригамы. Все четыре вида оружия можно получить, собрав ящики с предметами, разбросанные на каждом этапе, вместе с зельями жизненной силы.

Shadow of the Ninja состоит из пяти уровней по 16 этапов, первые четыре уровня разделены на три этапа, а последний уровень - на два. На каждом уровне игрок сражается с множеством типов вражеских персонажей, включая боссов и подбоссов. Как только босс будет побежден, он взорвется, этот взрыв будет лечить игроков, чем ближе они к нему, так как фактически такое же количество здоровья с одного уровня будет перенесено на следующий, пока оно не восстановится с помощью зелий. Игра заканчивается, если игрок теряет всю свою жизнеспособность, и для продолжения предоставляется только пять шансов. Если в игру играют два игрока, их продолжение будет разделено.