Черепашки ниндзя отдыхают на солнышке и смотрят последние новости о растущей преступности. Сигнал телевизора пропадает и на экране появляется Шреддер с сообщением, адресованным друзям черепашкам. Он поднимает весь остров Манхэттен в небо над Нью-Йорком и берет Эйприл в заложники. Увидев это, черепашки ниндзя должны преодолеть волны, чтобы вернуться домой и спасти Эйприл и Манхэттен! Так что, если вы не хотите, чтобы Шреддер кинул песок вам в лицо и ушел с вашей лучшей девушкой и вашим родным городом, вам лучше этим заняться.

Проект Манхэттен является продолжением игры черепашек-ниндзя II. Третья игра в серии очень похожа на вторую. Игрок выбирает одного из главных героев, который должен пробиваться сквозь этапы, убивая как можно больше солдат, противостоять и побеждать боссов, и, наконец, сразиться с Шредером. В отличие от предыдущей игры, у каждого героя черепашек есть свои уникальные способности.