Блю Болтар, владыка клана Йома вторгся в Чайналэнд и захватил Императора. Отправляя телевизионную трансляцию по всему миру, Blu Boltar объявляет себя правителем. Джек и Рю - мастера ниндзя Чайналэнда, тренируются со своим учителем на горе Эпин. Услышав известие о захвате Императора, они отправились на битву против Болтара и его клана Йом.

Little Ninja Brothers - вторая игра в суперкитайской серии и первая игра в виде ролевой игры. Игроки, управляя Джек или Рю, исследуют карту. Случайные встречи с монстрами дают возможность бежать или сражаться. Во время боя геймплей похож на первую суперкитайскую игру, где игроки перемещают свой персонаж вверх, вниз, влево и вправо ... и могут либо пробивать, либо совершать прыжок с кувырком, чтобы нанести урон врагам. Дополнительные бонусы, также могут быть найдены во время битв. Успешно побеждающие враги набирают очки опыта и деньги Сена. Джек и Рю делятся опытом, поэтому они остаются на одном уровне. Второй игрок может присоединиться в любой момент и поделиться уровнем опыта с первым игроком. Сен - валюта мира и может быть потрачена в магазине товаров для каждого города, чтобы увеличить способности и купить новое оружие. Некоторые из них включают метание звездочек, специальные методы боевых искусств, мечи, атаки снарядов и другие особые полномочия. В городах также есть люди, которые дадут подсказку и информацию Джеку и Рю.

Когда возникают боссы, игровой процесс меняется на пошаговую систему. Каждый ход необходимо дать команды Джеку и Рю, которые включают использование специальных предметов и навыков, приобретенных во время игры, которые затем выполняют действия на основе этих команд. То же самое происходит и с вращением. Битва заканчивается, когда заканиваются хитпоинты.

Little Ninja Brothers (Маленькие братья ниндзя) также имеют режим полевой встречи, где Джек и Рю соревнуются в различных спортивных тематических мероприятиях, посвященных гонке. Различные режимы, доступные для этого соревнования, включают в себя: регулярный Dash, Popping Baloons, Athletic Obstacle Course, поиск сокровищ, скрытых внутри камней, питание пищи, прикрепленной к воздушным шарам, и, наконец, стрельба по мишеням с помощью снарядов.