遊戲發生在 1992 年的虛構城市 Neo City。 有一個打擊有組織犯罪的行動中心，叫做“Contra Force”，由一個名叫伯恩斯（Burns）的人領導。 特工們的任務是摧毀名為“D.N.M.E.”的犯罪集團。 伯恩斯接到一個名叫福克斯的線人打來的電話，他報告說不明人士正在威脅情報部門的負責人。 伯恩斯安排與線人會面以了解更多細節。 然而，當伯恩斯到達預定會面的港口時，卻發現福克斯已經死了。 伯恩斯和他的小隊突然遭到武裝匪徒的襲擊。 現在，英雄們必須從恐怖分子手中清除這座城市。

遊戲相比系列前作有很多創新點：
- 出現夥伴，由電腦控制。
- 主角現在可以由四個角色組成，它們在一套武器、跳躍高度和奔跑速度上有所不同；
- 通過累積獎金來改變武器；
- 出現了尋的導彈；
- 環境變得更具互動性：現在英雄們可以摧毀單個設備、盒子和一些物品；
- 大氣現象的影響：風吹向沿著飛機機翼奔跑的角色。